你就像一位光彩夺目的大音乐家，激光、滤镜和增益装置在你手里，仿佛是一把 Stradivarius 小提琴，你轻松生成引人瞩目、数据丰富的图像，令同行艳羡不已。你坐下来玩起了填字游戏，自信地看着红绿光线在屏幕上跳动。当你拿起你的导师坚持要加入随机处理（尽管你非常反对）的玻片……而你就像中了头奖的研究生一样发现你特别关注的细胞浆蛋白回到了胞核时，会发生什么？
你会直接奔向你的导师，心想：“我这么做也许是自寻其辱，但完全值得。”而正当你马上要敲响他/她的门时，你突然想到——不行！我必须弄清楚到底如何进行 ChIp。
无需担心，我们可以帮助你！
染色质免疫沉淀 (ChIP) 用于检测胞核天然染色质结构内蛋白与 DNA 之间的相互作用。ChIP 实验首先需要固定细胞，这可将蛋白与 DNA 相互作用交联到位。然后将染色质碎裂为片段，并使用抗体对目的蛋白及任何结合的 DNA 进行免疫沉淀。最后，解交联，对沉淀的 DNA 进行纯化。可对纯化的 DNA 进行进一步的分析，如标准或实时 PCR、微阵列或测序。
这些实验对染色质的完整性、蛋白表位的质量及免疫沉淀抗体的特异性非常敏感；当正在研究的蛋白与 DNA 相互作用极少发生或不稳定时，这些变量就更为关键。
向你的实验步骤中添加阳性和阴性对照抗体，可确保分析正常进行且结果可靠。
许多市售的试剂盒都随附 Rpb1（RNA 聚合酶 II 的最大亚基）抗体，以作为阳性对照抗体使用。但 Rpb1 仅在激活转录位点结合，因此，如果你的目的位点是一个非活性位点，Rpb1 实际上就成为了一种阴性对照。CST 建议使用 Histone H3 (D2B12) XP® Rabbit mAb (ChIP Formulated) #4620。该抗体可检测组蛋白 H3 的所有变体 (H3, H3.3, CENP-A)，这些变体会结合基因组内的所有 DNA 序列。因此，不管接受检测的位点激活状态如何，该抗体都能为你的 ChIP 实验提供通用的阳性对照。
阴性对照抗体（如 normal rabbit IgG）无法检测特异性表位，因此可用于检测非特异性结合。例如，如果阴性对照样品中的产物量等于靶标特异性样品中的产物量，那么你就可以推断出，你的靶标特异性抗体表现出非特异性结合或显示信号背景水平。这个结果以及阳性组蛋白 H3 信号表明，你的染色质是完整的，且你的靶标特异性抗体未起作用。
第 2 步：染色质制备 — 即使是最好的抗体也无法使不存在的物质沉淀……
这是关于如何改进 ChIP 实验步骤的四部分系列文章中的第一篇。这些帖子改编自我们完整的《成功进行染色质免疫沉淀的指南》，您可以点击下面的按钮来下载。