BioPlex：经过成千上万次蛋白免疫纯化形成的蛋白相互作用网络
Steven Gygi 博士
哈佛医学院细胞生物学系教授
蛋白间相互作用会形成一个网络，网络的结构促进细胞功能，且其组织为所有生物研究提供信息。通过使用高通量亲和纯化质谱法，我们便可检测 HEK293T 细胞中 2,594 种人蛋白的互作搭档。产生的网络 (BioPlex) 包括：7,668 个蛋白中的 23,744 次相互作用，其中 86% 未知。BioPlex 准确描述已知的复合体，覆盖 80-100% 的大多数 CORUM 复合体。网络结构表现出 4 大关键特征：1) BioPlex 细分为超过 300 个群落，合并了功能相同的蛋白。2) 相互作用预测会在共同发生的 Pfam 结构域中出现 2,968 次结合。3) 确定了数以千计的蛋白的特征，包括定位、生物过程和分子功能，其中许多特征尚未检测到。4) BioPlex 揭示了具有生物学或临床意义的相互作用。为了证明受 BioPlex 启发的补充性研究，我们研究了与遗传性肌萎缩性脊髓侧索硬化症有关的野生型和突变型 VAPB 变体的相互作用。这样的网络为提出和细化蛋白功能、机制和活性假说提供了一个框架。
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