继续我们的简化蛋白质组学主题，我们承办了一场网络研讨会，主讲人为 Cell Signaling Technology 蛋白质组学团队的首席科学家 Matthew Stokes 博士，以及哈佛医学院 Gygi Lab 的博士后研究员 Christopher Rose 博士。
Stokes 博士介绍了 PTMScan® 技术，这种方法即在 LC-MS/MS 分析前采用抗体对复杂混合物中的特定翻译后修饰 (PTM) 肽（例如磷酸化、甲基化或泛素化等）加以富集。Rose 博士演示了他所在的实验室如何综合利用 PTMScan 技术和等重标记法，特别是串联质谱标记(TMT)，在 Bortezomib 治疗的细胞中量化了超过 15,000 项泛素化事件。
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PTMScan® 蛋白质组学的摘要：对翻译后修饰肽进行检测和定量。
蛋白翻译后修饰 (PTM) 可调控细胞生长、发育和疾病生物学的各个方面。对这些 PTM 进行蛋白质组分析已成为更好地理解细胞信号转导的核心。目前的蛋白质组方法和仪器能够在一次实验中检测数千条肽。Cell Signaling Technology 的 PTMScan 蛋白质组学方法将基于抗体的富集方法和液相色谱串联质谱法 (LC-MS/MS) 相结合，以对翻译后修饰肽进行检测和定量。产品和服务可用于分析细胞系、组织、异种移植物或其它生物材料中的蛋白磷酸化、乙酰化、泛素化、甲基化、琥珀酰化以及半胱天冬酶裂解活化 (PTMScan Discovery)。服务还专为靶向和深入覆盖关键信号转导通路而设计 (PTMScan Direct)。PTMScan 方法已成功应用于生物标记物发现、药物开发和各项研究，以更好地了解细胞信号转导。
使用泛素残迹免疫沉淀法、nLC-MS/MS 和同重元素标记进行多重定量泛素化组分析。近来，由于质谱仪和试剂的发展，大规模多重定量蛋白质组实验已变得更易于进行。如今，通过使用等量异位标签（例如串联质谱标签），在 1.5 天的分析中，通常可在 10 份实验样品中定量超过 8,000 个蛋白。但到目前为止，细胞泛素化组分析始终受限于一次实验中可多重分析的样品数。在本次网络研讨会中，我将重点介绍样品制备方法，包括使用 PTMScan 泛素残迹基序抗体 (Cell Signaling Technology) 进行免疫沉淀，以及使用等量异位标记来标记生成的肽。我还将讨论可用于准确分析细胞泛素化组的仪器方法（例如同步前体选择 MS3 [SPS-MS3]）。我将重点介绍这种方法的应用，其中，在用 Bortezomib 处理后，我们可在 10 个定量通道里同时定量超过 15,000 个泛素化位点的变化。