揭秘 ChIP/ChIP-seq：使用单克隆抗体与多克隆抗体

做过多次染色质免疫沉淀“ChIP”检测的研究人员（甚至可能是您的导师）可能认同多克隆抗体性能优于单克隆抗体的看法。但这是否总是正确呢？

花时间来了解两者在抗原检测和特异性方面的差异，并揭开一些谜底是值得的。 

染色质免疫沉淀法中的单克隆抗体和多克隆抗体

经正确验证的单克隆抗体将仅检测一个抗原的单个表位，并且极具特异性。另一方面，多克隆抗体则可以检测一个抗原的多个表位。它们是抗体的混合物。有时，多克隆抗体是唯一选择，例如研究某个热门的新靶标时及没有足够时间产生和验证单克隆抗体。但很多时候，您要做出选择：单克隆抗体或多克隆抗体。

对 ChIP 不熟悉？不确定从何开始？请阅读有关我们的科学家从 ChIP 新手变身为 ChIP 大师的故事：逐个攻破。

我们对多克隆抗体的一个认知是当获得表位成为一个难题时，多个表位检测就可提高在 ChIP 中让靶蛋白沉淀的机会。事实上，仅当将一种重组全长蛋白用于产生多克隆抗体时才会出现这种情况。许多 ChIP 多克隆抗体（尤其是修饰状态特异性抗体）是针对仅 20-40 个氨基酸长的肽抗原而产生的。这意味着表位可能比你预计的要少，而且这些表位可能互相重叠在一起。简而言之，你不太可能获得“多表位”的好处。

您能承受抗体批间变异性吗？

对于所有多克隆抗体，还有另外一个关键的考虑事项：多克隆抗体混合物中的一种或多种物种可能会与脱靶蛋白发生交叉反应，从而产生背景信号。测试多克隆抗体时，你可能会发现背景处于可接受的较低水平。但多克隆抗体存在的问题是个别抗体物种摩尔比在各批次间各不相同，因此多克隆抗体混合物的整体特异性也不同。将每个多克隆抗体批次视为一个有限资源，因为下一批次的性能特点可能会有所不同。

批次间变化对你的工作有意义。您的论文可能在某年发表，但对于接下来一年的后续研究，您可能不得不换用新批次多克隆抗体，而令人不快地惊讶于这种抗体不再管用。（“天哪，ChIP！”）

其他资源：CST ChIP 实验步骤

但也有一个好消息。由于其单克隆性，单克隆抗体可提供更一致的批次间特异性。这可能适用于 ChIP 实验及其他应用。不像多克隆抗体批次，单克隆抗体（包括重组兔单抗）均是可再生资源。

头对头（ChIP 到 ChIP？）单克隆抗体与多克隆抗体比较

最近，在《表观遗传学和染色质》发表的一篇文章中，博德研究所 (Broad Institute) 的研究人员进行了一项在 ChIP-seq 中比较单克隆抗体性能与多克隆抗体性能的系统研究。选择了四种关键组蛋白修饰来分析。对于全基因组和区域特异性读取计数，单克隆抗体性能与多克隆抗体性能高度相关，并且作者推断单克隆抗体可替代广泛使用的多克隆抗体，提高可靠性（出于上述的一致性和可再生性原因）并简化对 ChIP-seq 数据集的解读。

记住，仅当抗体经过验证时，一致性和可再生性才有价值。CST 制造的抗体已在 ChIP 等应用中经过严格验证。其特异性使用相关方法和模型系统进行测试，包括但不限于可调节上游信号转导的抑制剂和激动剂处理；阴性、阳性和过表达的细胞系；以及经基因操纵的敲除/敲落型细胞系。因此，最受欢迎的 CST ChIP 和 ChIP-seq 试剂是重组单克隆抗体便不足为奇。  

想要了解我们的工具如何进行堆叠？在此处查看更多有关在 ChIP 和 ChIP-seq 中进行的头对头性能比较的信息：