为了从与神经退行性疾病相关的样本中获取最多的信息，重要的是要考虑所提出的研究问题、现有样本的类型（即血清、脊髓液， 尿液、脑组织）和可用于评估的技术。
事先处理并调整这些因素能从每个实验中获得最多数据。
使用脑和脊髓组织进行研究
使用各种各样的技术来研究神经退行性疾病，包括基础细胞和分子方案、电生理学评估和利用原位抗体技术的显影方法。
什么时候对神经元和胶质细胞使用抗体技术
免疫组织化学法 (IHC) 和免疫荧光法 (IHC)
死后组织染色是一种最可靠的方法，可用来检测目的蛋白及其亚细胞定位以及显现这些蛋白如何相互作用。
个别神经元和神经胶质种群以及它们的轴突、树突、受体和神经递质含量可以被分离和鉴定。 另外，可以选择性地标记疾病状态发生变化的蛋白质。
制备中枢神经系统的组织时需要特别小心，才能在染色时产生最佳结果。为了进行高质量的神经病理学观察，在研究啮齿动物时应考虑理解神经解剖学，以及几个简单的额外步骤：快速完全放血，小心取出脑，并迅速浸入固定剂中。使用注射器以一种从尾部到嘴部的方式完整地取出脊髓。
通常，用最适切割温度 (OCT) 的培养基快速冷冻（用于免疫荧光法）或包埋在石蜡（用于 IHC）中来制备组织样品。在继续进行染色流程前，将样品切片，并放在玻片上风干。
免疫组织化学（IHC）可用于苏木精和曙红（H＆E）染色的解剖学和形态学筛查。 在 FITC 滤镜下可在 H&E 染色的载玻片上观察到的任何自发荧光都表明变性神经元，而Fluoro Jade B染色是检测树突和轴突中神经退行性变的更敏感的染色剂。 而 Fluoro-Jade B 染色是一种更敏感的染色，可以检测树突和轴突的神经变性。LFB-Holmes 银染可用于显示髓鞘和轴突，而星形胶质细胞 (GFAP) 和小胶质细胞（CD68 和 IBA1）的标记物染色可显示炎症。
理解特定抗体的应用是很重要的 —— 仅仅因为它在蛋白质印迹法中的表现与预期一样，并不意味着在进行 IF 染色时可成功定位。因此，检验特定应用的验证非常重要。另外，选择与成像系统兼容的主次配对和荧光团共轭物也很重要。
使用兔单克隆抗体有许多优势，尤其是对小鼠或人组织进行 IHC 时。例如，它们的亲和力和特异性更高，背景减少，并且不太可能与其他物种的抗体发生交叉反应。
使用 GFAP (D1F4Q) XP® Rabbit mAb（绿色）和 Neurofilament-H (RMdO 20) Mouse mAb #2836（红色）对大鼠小脑细胞进行共聚焦免疫荧光分析。蓝色伪彩 = DRAQ5® #4084（DNA 荧光染料）。
免疫细胞化学法 (ICC)
从新鲜采集的脑或脊髓或从脑脊液中分离的原代细胞，以及诱导多能性干细胞 (iPSC) 都可制备用来进行 ICC 分析。使用已涂抹的玻片、固定细胞，通透、封闭以及随后染色至关重要。对于多重分析，应特别考虑激发源的波长和滤波片组的光谱特性，以尽量减少光谱重叠。
流式细胞术
流式细胞术已用于分析与神经退行性疾病相关的微粒和脂蛋白微粒，包括 ApoE4 和 Aβ 复合体。此外，神经系统疾病细胞类型的深层免疫分型和促炎及抗炎细胞因子的产生分析可通过流式细胞术分析进行评估。
ELISA
鉴于受影响蛋白的复杂性以及有时几乎检测不到的循环水平，使用 ELISA 来主要检测神经递质输出，以及通过测定促炎和抗炎细胞因子水平来检测神经炎症的体征。
针对神经变性靶标搜索可用试剂。
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