信号与噪声：选择合适的抗体以确保 ChIP 成功

本系列的第 1 部分描述了在您的实验步骤中加入适当对照的重要性。在第 2 部分中，我们讨论了染色质制备如何影响最终实验结果。现在，我们花点时间来考虑免疫沉淀抗体。

对目的靶标不具有高度特异性的抗体可能会出现不可预见的结合，并增加背景噪声，从而增加了检测低丰度或低稳定性相互作用的难度。

如何选择合适的抗体以实现成功的 ChIP

抗体应满足以下标准。

应具备靶标特异性：

• 抗体应表现出预计会在阳性/阴性对照细胞系、敲除型细胞或经 siRNA 处理的细胞中表达。
• 在酶特异性激活剂和/或抑制剂的刺激下，抗体应表现出适当表达。
• 修饰特异性组蛋白抗体的特异性应经过肽阵列或肽 ELISA 的验证。

应具备可接受的信号/背景比：

• 信噪比应经过同型对照评估。
• 根据实时 PCR 分析确定，已知靶基因的富集度应至少比背景水平高 10 倍。

抗体质量不是决定免疫沉淀结果的唯一因素，抗体浓度也会对你的结果造成重大影响。如果抗体浓度相对染色质的量过高，则可能会使实验饱和，导致特异信号降低和/或背景噪声增大。相反，如果抗体浓度过低，则可能无法结合免疫沉淀样品中的所有靶蛋白，导致免疫沉淀效率降低。

CST 经 ChIP 验证的抗体均根据上述标准进行了测试，且每种抗体都有建议的起始浓度。但如果你的抗体来自其他供应商，这些指南也有助于确保你的抗体会产生预期效果。

一旦 DNA 经过免疫沉淀，即可进行纯化，并继续分析结果。那将是我们下一篇帖子的重点，敬请期待……

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